للمركز مجلس خاص يتولى المهام والصلاحيات التالية:-
أ- رسم السياسة العامة للمركز وإقرار برامجه وخططه.
ب- مناقشة موازنة المركز وتصديقها.
ج- مناقشة التقرير السنوي عن أعمال المركز ونشاطاته وإقرارها.
ح- إقرار الخطة السنوية التي تحدد فيها أعمال المركز ونشاطاته والنفقات التقديرية لها لترصد في موازنة الجامعة.
خ- النظر في أية أمور أخرى ذات صلة بأهداف المركز يعرضها رئيس المجلس.